Vera Bogdanovskaya sinh năm 1868 tại Saint Petersburg. Cha cô, Evstafy Ivanovich Bogdanovsky, là giáo sư phẫu thuật. Cha mẹ cho ba đứa con của họ tự học ở nhà. Năm 1878, khi 11 tuổi, Popova bắt đầu học tại Học viện Smolny. Bắt đầu từ năm 1883, cô dành bốn năm tại Bestuzhev Courses và sau đó, cô làm việc trong vòng hai năm tại phòng thí nghiệm thuộc Học viện Khoa học và Học viện Phẫu thuật Quân sự. Năm 1889, Bogdanovskaya rời Nga đến Thụy Sĩ, ở đó cô theo học tiến sĩ hóa học tại Đại học Geneva. Cô bảo vệ nghiên cứu của mình về hợp chất dibenzyl ketone vào năm 1892.[1] Bogdanovskaya muốn nghiên cứu trên hợp chất HCP (methylidynephosphane), nhưng tiến sĩ hướng dẫn, Giáo sư Carl Gräbe, đã thuyết phục cô tập trung nghiên cứu dibenzyl ketone.[5] Cô cũng làm việc với Tiến sĩ Philippe Auguste Guye ở Geneva, người đang nghiên cứu về hóa học lập thể.[2]